債権譲渡の場合，消滅時効の起算点は，期限の利益喪失日（遅滞なく支払っていて，約定弁済日に支払いがストップし，以後返済していない場合），又は，遅滞後も弁済を継続している場合，最終弁済日（債務承認とみなされ時効が中断した日）となります。
代位弁済の場合，代位弁済により保証会社が取得した求償権は元の債権とは別個のものなので，求償権について独自の消滅時効が進行し，その起算点は代位弁済日となります。
債権者が代わるという意味では，債権譲渡も代位弁済も同じですが，消滅時効の起算点については大きく異なりますので注意が必要です。
なお，代位弁済の場合，求償権について何年で消滅時効が完成するかについて以下にまとめておきます。
主債務者が商人の場合→商法が適用され5年
主債務者が商人ではない場合
→代位弁済をしたのが保証会社の場合→商法が適用され5年
→代位弁済をしたのが信用保証協会の場合→信用保証協会は商人ではない（最高裁昭和42年10月6日判決）ので，商法は適用されず，10年
参考図書
新日本法規〔新版〕時効の管理 402頁
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